Cơ chế phân cấp quản lý tài chính đối với các đơn vị trường học trực thuộc Sở Giáo dục và Đào tạo có một số nội dung chưa phù hợp, chưa bảo đảm quy định tại Nghị định 142 của Chính phủ.
Việc giao chủ đầu tư xây dựng các công trình chưa có sự thống nhất giữa 3 tỉnh cũ; việc phối hợp xác định nhu cầu, quy mô, tổng mức đầu tư, thời gian thực hiện dự án còn gặp khó khăn, đặc biệt đối với các công trình xây dựng bổ sung hạng mục, cải tạo, sửa chữa cơ sở vật chất... dẫn đến chậm trễ trong tổ chức thực hiện.
Đối với lĩnh vực y tế, việc phân cấp đơn vị dự toán chưa thống nhất chung trong toàn ngành. Tại khu vực Phú Thọ, các đơn vị trực thuộc Sở Y tế là đơn vị dự toán cấp 1, trong khi đó tại các khu vực Vĩnh Phúc, Hòa Bình cũ, các đơn vị trực thuộc Sở Y tế là đơn vị dự toán cấp 2. Việc phân cấp đơn vị dự toán ảnh hưởng rất lớn đến tính tự chủ của các đơn vị giáo dục, y tế; việc tuyển dụng, sử dụng viên chức.
Để tháo gỡ vướng mắc, chiều 17/9, Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Thọ đã họp bàn tìm cơ chế phù hợp đối với phân cấp quản lý tài chính ngành giáo dục, y tế.
Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Trần Duy Đông kết luận: Các trường mầm non, tiểu học, trung học cơ sở là đơn vị dự toán thuộc Ủy ban nhân dân cấp xã quyết định phân bổ, giao dự toán ngân sách sau khi được cấp có thẩm quyền phê duyệt.

Các đơn vị trực thuộc Sở Giáo dục và Đào tạo là đơn vị dự toán cấp 2. Sở Giáo dục và Đào tạo chịu trách nhiệm tổng hợp, xây dựng dự toán ngân sách, quyết định phân bổ, giao dự toán đối với các cơ sở giáo dục trực thuộc sau khi được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Sở Tài chính thẩm định cơ chế phân cấp quản lý tài chính lĩnh vực giáo dục-đào tạo báo cáo Ủy ban nhân dân tỉnh trước ngày 20/9.
Đối với lĩnh vực y tế, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh giao Sở Tài chính, Sở Y tế phối hợp phân loại rõ đơn vị dự toán cấp 1, cấp 2, trên cơ sở đó, xây dựng cơ chế phân cấp quản lý tài chính báo cáo Ủy ban nhân dân tỉnh xem xét, quyết định.
Bên cạnh đó, tỉnh Phú Thọ đang nỗ lực rà soát các chính sách đối với y tế, giáo dục của 3 tỉnh trước đây, phấn đấu thống nhất thành một chính sách chung của tỉnh vào đầu năm 2026.