Theo đó, tình trạng sử dụng hóa đơn bất hợp pháp vẫn còn phổ biến; nhiều doanh nghiệp ma, doanh nghiệp bỏ trốn được thành lập chỉ nhằm mục đích mua bán hóa đơn; việc sử dụng hóa đơn khống để hợp thức hóa đầu vào, giảm nghĩa vụ thuế vẫn diễn ra. Hệ thống đánh giá rủi ro chưa hoàn thiện: việc phân loại doanh nghiệp theo mức độ rủi ro (cao-trung bình-thấp) còn chưa hiệu quả do một số nguyên nhân như: dữ liệu đầu vào chưa đồng bộ, nhiều khi thiếu độ chính xác hoặc cập nhật chậm, sự kết nối và chia sẻ dữ liệu giữa cơ quan thuế và các cơ quan khác còn hạn chế dẫn đến việc chậm phát hiện các hành vi gian lận có tổ chức.
Bên cạnh đó, còn thiếu nguồn nhân lực có chuyên môn cao về công nghệ và phân tích dữ liệu: trong bối cảnh chuyển đổi số, công tác quản lý rủi ro đòi hỏi nhân lực hiểu biết cả về nghiệp vụ thuế và công nghệ. Hiện nay đội ngũ cán bộ công chức làm công tác quản lý tuân thủ chưa thực sự đáp ứng yêu cầu này. Đó là chưa kể việc thiếu công cụ phân tích dữ liệu: dù đã triển khai hóa đơn điện tử, nhưng công cụ phân tích hành vi, phát hiện gian lận trên diện rộng vẫn còn hạn chế. Qua công tác quản lý thuế và theo phản ánh của cơ quan thuế các cấp thì các ứng dụng quản lý rủi ro về hoá đơn nêu trên còn một số tồn tại vướng mắc cần hoàn thiện, nâng cấp.
Trong tiến trình triển khai công tác phòng chống, ngăn chặn tình trạng gian lận trong sử dụng hóa đơn điện tử, Cục Thuế nhận thấy: việc hoàn thiện, nâng cấp chức năng cảnh báo xuất hoá đơn vượt ngưỡng an toàn (mở rộng ngành nghề kinh doanh thuộc diện giám sát) đóng vai trò quan trọng.
Theo đó, toàn ngành Thuế tập trung nghiên cứu, xây dựng chức năng ngừng xuất hóa đơn theo quy định tại Nghị định số 70/2025/NĐ-CP ngày 19/03/2025 sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 123/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định về hóa đơn, chứng từ và hướng dẫn tại Thông tư số 32/2025/TT-BTC ngày 31/5/2025 của Bộ Tài chính; hoàn thiện ứng dụng đối chiếu chênh lệch tờ khai và hóa đơn điện tử; triển khai chức năng tra cứu cơ sở dữ liệu và quản lý hóa đơn điện tử của các doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ đăng ký kinh doanh, doanh nghiệp do cơ quan công an chuyển sang và doanh nghiệp rủi ro về hoá đơn khác. Đồng thời, ngành tiến hành phân tích dữ liệu hóa đơn điện tử ứng dụng AI cho phép phân tích dữ liệu theo chuỗi mua bán hàng hóa dựa trên dữ liệu hóa đơn điện tử theo các mặt hàng.
Với những nỗ lực đó, ngành Thuế đã đạt được một số kết quả đáng ghi nhận. Đối với ứng dụng cảnh báo sử dụng hóa đơn điện tử (theo hệ số K), số lượng hóa đơn điện tử liên tục tăng nhanh trong thời gian qua đặt ra bài toán cần phải phát hiện nhanh, phát hiện sớm dấu hiệu xuất hóa đơn khống, sử dụng không hợp pháp hóa đơn cho cán bộ thuế. Để đáp ứng yêu cầu cấp thiết này, Ban quản lý rủi ro và hỗ trợ người nộp thuế (Cục Thuế) đã phối hợp với Ban chuyển đổi số xây dựng và triển khai chức năng cảnh báo sử dụng hóa đơn trên ứng dụng quản lý hóa đơn điện tử của cán bộ thuế trên toàn quốc.
Hàng ngày, ứng dụng thực hiện tổng hợp dữ liệu hóa đơn điện tử, báo cáo tài chính, tờ khai thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế có đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử đưa ra để đưa ra danh sách người nộp thuế thuộc diện cảnh báo. Đồng thời gửi thư điện tử cho cán bộ thuế và người nộp thuế. Căn cứ vào danh sách do ứng dụng đưa ra, cán bộ thuế quản lý trực tiếp thực hiện rà soát số liệu, đánh giá mức độ rủi ro và thực hiện các biện pháp nghiệp vụ liên quan.
Thực hiện chỉ đạo nâng cấp chức năng ứng dụng cảnh báo sử dụng hóa đơn điện tử, Cục Thuế triển khai nâng cấp đối với chức năng hỗ trợ ghi nhận 1 lần kết quả và xử lý kết thúc các cảnh báo đối với trường hợp người nộp thuế có nhiều lượt cảnh báo sử dụng hóa đơn điện tử đã giải trình không có rủi ro hoặc đã hoàn thành xử lý.
Về việc mở rộng áp dụng hệ số cảnh báo đối với tất cả các ngành nghề đăng ký kinh doanh của người nộp thuế, Cục Thuế mở rộng áp dụng hệ số cảnh báo đối với tất cả các ngành nghề đăng ký kinh doanh của người nộp thuế; thực hiện phân đoạn người nộp thuế, tiền xử lý dữ liệu và áp dụng kỹ thuật khoảng giá trị để xác định hệ số cảnh báo cho tất cả các ngành nghề kinh doanh (ứng dụng cảnh báo sử dụng hóa đơn điện tử hiện nay đang áp dụng cho 2 nhóm ngành nghề sản xuất và thương mại).
Cục Thuế đã phân tích rà soát, phân đoạn người nộp thuế theo 7 nhóm ngành nghề lĩnh vực chính để xây dựng phương án hệ số K cảnh báo theo đặc thù từng ngành nghề lĩnh vực gồm: thương mại; sản xuất; dịch vụ; xây dựng, lắp đặt; bất động sản; tài chính và vận tải.
Kết quả triển khai ứng dụng cho thấy, cả nước có gần 100.000 người nộp thuế thuộc diện cảnh báo sử dụng hóa đơn điện tử. Cơ quan thuế các cấp đã nỗ lực rà soát, kiểm tra, xử lý người nộp thuế vượt cảnh báo bằng các biện pháp nghiệp vụ quản lý thuế.
Theo đó, có 3.427 người nộp thuế cơ quan thuế đã ra thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký; 311 người nộp thuế đã chấm dứt hiệu lực mã số thuế (đã ngừng hoạt động, đóng mã số thuế); 2.077 người nộp thuế đã ngừng hoạt động nhưng chưa đóng mã số thuế, tạm ngừng hoạt động; 38 người nộp thuế đã chuyển cơ quan thuế quản lý. 465 người nộp thuế cơ quan thuế đã ra thông báo doanh nghiệp rủi ro/dừng sử dụng hóa đơn/cưỡng chế ngừng sử dụng hóa đơn.
89 người nộp thuế đưa vào kế hoạch thanh tra kiểm tra; 20 người nộp thuế đã ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế; 14 quyết định truy thu đã được ban hành với tổng số tiền thuế truy thu, tiền phạt gần 300 triệu đồng. Có 63 người nộp thuế đã chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra, 608 người nộp thuế cơ quan thuế không liên lạc được, đang thực hiện xác minh địa điểm đăng ký kinh doanh, 47.775 người nộp thuế đã được công chức thuế rà soát, kiểm tra và chấp nhận giải trình của người nộp thuế, xét thấy không/chưa có rủi ro (khoảng 55% người nộp thuế thuộc diện cảnh báo hệ số K), 36.368 người nộp thuế đã từng được công chức thuế cho tạm ngừng cảnh báo.
Trong việc nghiên cứu, xây dựng chức năng ngừng xuất hóa đơn theo quy định, cục Thuế đã nghiên cứu, hoàn thiện dự thảo ban hành bộ chỉ số tiêu chí và quy trình áp dụng quản lý rủi ro trong việc đánh giá, xác định người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro rất cao trong sử dụng hóa đơn điện tử. Cục đã xây dựng ứng dụng ngừng xuất hóa đơn với người nộp thuế có rủi ro rất cao trong sử dụng hóa đơn điện tử.
Sau khi được phê duyệt các phân đoạn người nộp thuế theo nhóm ngành nghề kinh doanh; phương pháp tiền xử lý dữ liệu trước khi đưa số liệu vào chạy ứng dụng, Cục Thuế sẽ tiếp tục hoàn thành xây dựng ứng dụng để đưa vào triển khai toàn quốc; hướng dẫn việc phân tích rủi ro, từ đó kiểm tra việc thực hiện công tác đánh giá rủi ro của công chức thuế các cấp trong việc rà soát tuân thủ pháp luật thuế của người nộp thuế; tiếp tục phân tích dữ liệu toàn quốc trên ứng dụng để xác định các ngưỡng rủi ro, điểm rủi ro phù hợp nhằm nhận diện người nộp thuế có rủi ro trong sử dụng hóa đơn.
Trong thời gian tới, Cục Thuế sẽ có phương án và yêu cầu nghiệp vụ để thuê chuyên gia công nghệ hỗ trợ các giải pháp áp dụng AI vào phân đoạn người nộp thuế, phân cụm dữ liệu, tiền xử lý dữ liệu và xác định biến ngoại lai, áp dụng AI vào phân tích dữ liệu “tên hàng hóa, dịch vụ”. Từ đó, sẽ tự động phân cụm, phân nhóm hàng hóa, dịch vụ trên hóa đơn mua vào và hóa đơn bán ra của người nộp thuế để đảm bảo triển khai cho các nhóm ngành nghề kinh doanh.