Tại hội nghị, có 17 lượt ý kiến, trong đó phần lớn đề xuất bổ sung vào văn kiện về đầu tư hạ tầng năng lượng; thu hút đầu tư hạ tầng nhiên liệu như xăng, dầu, khí hóa lỏng; tập trung hoàn thiện quy hoạch tỉnh ngay từ đầu; thu hút đầu tư các tổ hợp giải trí, nghỉ dưỡng quy mô lớn; hạ tầng giao thông đường thủy phục vụ du lịch; cảng Bãi gốc và hạ tầng phụ trợ; đánh giá rõ thêm về nuôi trồng thủy sản và tập trung vào đề án nuôi trồng thủy sản, sắp xếp lồng, bè; việc đấu giá khai thác khoáng sản và quản lý tài nguyên.
Trong các chỉ tiêu đề ra của nhiệm kỳ, nhiều ý kiến cho rằng, cần xem xét tăng doanh thu lĩnh vực du lịch và ngân sách; tập trung đầu tư các tuyến quốc lộ, nhất là hai tuyến quan trọng thông thương Phú Yên với Đắk Lắk là quốc lộ 19C và 29.
Trong lĩnh vực văn hóa-xã hội, nên bổ sung vào văn kiện phát triển Bệnh viện đa khoa khu vực Phú Yên và các bệnh viện chuyên khoa chất lượng cao; các chỉ tiêu về văn hóa.
Đối với công tác cán bộ, có ý kiến cho rằng, việc đánh giá cán bộ, công chức, viên chức, người lao động phải tập trung vào định lượng hóa chất lượng sản phẩm theo vị trí việc làm; tinh giản biên chế không chỉ đối với những trường hợp không hoàn thành nhiệm vụ, mà còn cả những trường không có đủ uy tín; công tác phát triển đảng viên mới, xử lý đối với cán bộ, đảng viên vi phạm, cần có số liệu cụ thể, thể hiện sự nỗ lực trong công tác giám sát, kỷ luật Đảng.

Phát biểu chỉ đạo tại hội nghị, Bí thư Tỉnh ủy, Chủ tịch Hội đồng nhân dân tỉnh Phú Yên Cao Thị Hòa An nhấn mạnh, văn kiện chính thức trình đại hội phải ngắn gọn, đầy đủ, chính xác, là “ngọn đuốc” soi đường để hành động; đảng viên phải hiểu sâu để có hành động cụ thể, nhân dân phải đồng thuận cao.
Bí thư Tỉnh ủy Phú Yên cũng đề nghị thủ trưởng các cơ quan, ban, ngành địa phương ổn định tư tưởng, tạo sự đồng thuận trong hệ thống chính trị và nhân dân.
Đây là nền tảng để thực hiện tốt chủ trương sắp xếp, tổ chức bộ máy và mô hình chính quyền địa phương hai cấp. Việc sắp xếp, tổ chức bộ máy đơn vị hành chính cấp xã mới và công tác chuẩn bị Đại hội Đảng bộ xã phải khẩn trương, bảo đảm đúng tiến độ, hiệu quả trên tinh thần tăng cường cải cách hành chính, nâng cao chất lượng phục vụ người dân và doanh nghiệp.
Ủy ban nhân dân tỉnh có phương án xử lý tốt tài sản công của các cơ quan, đơn vị khi sáp nhập, hợp nhất.