Một số nơi chưa có quy trình bếp ăn một chiều, thực phẩm không rõ nguồn gốc, thiếu chứng từ hợp lệ. Đây là những vấn đề nổi cộm được Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh chỉ rõ sau khi kiểm tra, rà soát hoạt động chăm sóc, nuôi dưỡng, hỗ trợ trẻ em tại các cơ sở trợ giúp xã hội trên địa bàn.
Ngoài ra, cơ sở vật chất tại một số cơ sở chưa bảo đảm không gian cho trẻ sinh hoạt, nhất là thiếu khu vui chơi giải trí cho trẻ em.
Trước đó, Sở Y tế đã ban hành kế hoạch tăng cường công tác bảo vệ trẻ em, phòng, chống xâm hại trẻ em gửi các địa phương để triển khai thực hiện hiệu quả các nhiệm vụ, giải pháp về bảo vệ trẻ em, phòng, chống xâm hại trẻ em.
Kết quả kiểm tra tại 58 cơ sở trợ giúp xã hội đều có giấy phép hoạt động và pháp lý theo quy định của pháp luật. Hầu hết cơ sở bảo đảm môi trường thông thoáng, sạch sẽ, an toàn, có đầy đủ cơ sở vật chất cơ bản như phòng ăn, phòng ngủ, khu sinh hoạt chung.

Chế độ chăm sóc, nuôi dưỡng được thực hiện theo cam kết, phù hợp với những đối tượng có nhu cầu đặc biệt như trẻ sơ sinh, trẻ khuyết tật, trẻ bị ốm hoặc suy dinh dưỡng.
Công tác an toàn vệ sinh thực phẩm được chú trọng, nhân viên được tập huấn vệ sinh an toàn thực phẩm. Tuy nhiên, vẫn còn một số cơ sở chưa thực hiện đầy đủ quy định.
Sở Y tế yêu cầu các cơ sở này tuân thủ nghiêm ngặt quy định về vệ sinh an toàn thực phẩm, bảo đảm nguồn gốc thực phẩm rõ ràng, có hóa đơn chứng từ nhằm bảo đảm chất lượng bữa ăn và vệ sinh an toàn thực phẩm cho trẻ em.
Qua kiểm tra, ngành chức năng cũng ghi nhận một số cơ sở trợ giúp xã hội còn vướng mắc về pháp lý khi thực hiện thủ tục cấp phép hoạt động hoặc chưa hoàn thiện thủ tục pháp lý để được cấp phép theo quy định mới. Cụ thể như: Trung tâm Phát Huy Bình Triệu, Tịnh thất Thanh Quang, Cơ sở Thiên Thần (thuộc thành phố Thủ Đức cũ),..